НПО «Микроген» было создано в 2003 году путем реорганизации в форме слияния 14 государственных унитарных предприятий отечественной иммунобиологической отрасли. В настоящее время в состав Предприятия входят 9 филиалов.
Учредителем НПО "Микроген" является Российская Федерация, полномочия учредителя осуществляет Министерство здравоохранения Российской Федерации.
Основное направление деятельности НПО «Микроген» - разработка, производство и продажи иммунобиологических лекарственных препаратов, которые, по оценкам специалистов, составляют более 80% продукции компании. НПО «Микроген» является лидером российского рынка в сегменте иммуноглобулинов как по объемам продаж, так и в натуральном выражении.
Специалисты НПО «Микроген» уделяют большое внимание модернизации существующих производств: осенью 2014 г. в томском филиале компании НПО «Микроген» - НПО «Вирион» был открыт новый производственный цех, построенный в соответствии со стандартами GMP. Это стало завершающим этапом создания на предприятии производства полного цикла. Запланированный объем производства иммунобиологических препаратов и растворов для инъекции: до 90 млн ампул в год.
В марте 2015 года Президентом РФ В.В. Путиным подписан Указ № 139 об имущественном взносе Российской Федерации в Государственную корпорацию по содействию разработке, производству и экспорту высокотехнологичной промышленной продукции «Ростех», в котором поддержал предложение Правительства РФ о преобразовании ФГУПа НПО «Микроген» Минздрава России в акционерное общество с последующей передачей 100% акций новой структуры в качестве имущественного взноса в ГК «Ростех».
